Indalecio Prieto fue nombrado Ministro de Marina y Aire en septiembre de 1936, más tarde, en mayo de 1937, coincidiendo con la llegada de Juan Negrín a la Presidencia del Consejo de Ministros, Prieto se hizo cargo de la recién creada cartera de Defensa Nacional, un ministerio que englobaba a todas las fuerzas armadas de la República.
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Durante toda su etapa como ministro, Prieto cometió numerosos e importantes errores, el peor de todos fue enviar al grueso de la Flota al Cantábrico en septiembre de 1936, una decisión a la que se opusieron frontalmente todos los mandos de la Flota, y que vino a suponer el hundimiento del destructor 'Almirante Ferrándiz' por el crucero faccioso 'Canarias' el 29/9/1936, casi 160 marinos murieron en el ataque, destructor que solo junto con el 'Gravina' y sin apoyo aéreo quedaron encargados de vigilar el paso del Estrecho, un suceso grave y doloroso, pero que carece de importancia si lo comparamos con la pérdida total de la hegemonía republicana en las aguas del Estrecho de Gibraltar a partir de primeros de octubre de 1936, la gran consecuencia negativa de la decisión de Prieto, sobre esta pérdida Michael Alpert comenta:
"No se puede minimizar la importancia del control nacional sobre el Estrecho de Gibraltar. Los nacionales (sublevados) dominaban una posición central, controlando una ruta marítima estrecha, y dominaban también el hinterland donde se encontraban las bases de apoyo. Al dominar el Estrecho se abrió la posibilidad, de gran significación para los meses venideros, de establecer una base avanzada en Palma de Mallorca, cuyo abandono por las fuerzas expedicionarias de la República llegaría a adquirir ahora una significación evidente".
Varios historiadores de prestigio escriben negativamente sobre Prieto, a modo de ejemplo:
En "Las acciones navales de la Guerra Civil Española" se puede leer:
“…El dominio del Estrecho, primero republicano y más tarde nacional, la campaña del Cantábrico totalmente favorable para la Armada nacional y la guerra en el Mediterráneo, ya en la última fase de la contienda, dieron la victoria final a quienes mejor supieron utilizar la herramienta naval que poseían. La decisión de Indalecio Prieto fue la peor de toda la guerra civil".
Benavides en su libro “La Escuadra la mandan los Cabos” escribe sobre Prieto y nos dice:
De su gestión puede decirse lo que se dice del rayo de sol que entra por el cristal sin romperlo, Prieto entró en la Armada y salió de ella sin enterarse y sin haber puesto el pie en la cubierta de un buque. Ahora bien, a diferencia del rayo de sol que no mancha el cristal, Prieto manchó la Marina, peor aún, la pringó.
También Cerezo opina sobre Prieto y escribe:
"Al tomar la decisión de enviar la Flota al Cantábrico, a Indalecio Prieto le ha sobrado osadía; la osadía propia de los ignorantes cuando resuelven una cuestión que desconocen"
Otro de sus grandes errores fue la liberación de las prisiones republicanas de marinos inicialmente sublevados para su incorporación a la Flota, fue un gran error y la causa de un extremo colaboracionismo con el enemigo junto con un gran número de sabotajes de todo tipo, pero Prieto lo defendió a capa y espada.
Incluso al Estado Mayor de la Flota incorporó Prieto a marinos sublevados, tales como Vicente Agulló, Navarro y Gerardo López de Arce. Hasta tal punto estaban recolocados en los Estados Mayores, Bases y en la Flota marinos inicialmente sublevados que públicamente se comentaba :
"...en caso de triunfo fascista no habrá necesidad de hacer cambios ni en el Ministerio, ni en Cartagena, ni en la Flota.."
Errores a los que hay que sumar sus caprichosos y constantes enfrentamientos con los marinos republicanos que ocupaban puestos relevantes en la Armada.
Hubo que esperar al mes de abril de 1938 para que Juan Negrín le cesase en el cargo, (Gaceta de la República del seis de abril de 1938), si bien es cierto que oficialmente el cese se camufló de dimisión. A partir del cese de Prieto y hasta el fin de la guerra la cartera de Defensa Nacional quedó en manos de Juan Negrín, ministerio que compaginó con su Presidencia del Consejo de Ministros.
Benito Sacaluga